Narodil se 17. srpna 1887 na dolnorakouském zámku rodičům arcivévodovi Ottovi Habsburskému, synovci císaře Františka Josefa I., a Marii Josefě Saské, dceři pozdějšího saského krále. Porod byl velmi těžký. Bylo třeba hledat i nadpřirozenou posilu, a tak byla do místnosti rodičky přinesena Nejsvětější svátost. Dítě bylo pokřtěno 19. srpna biskupem ze St. Pölten a dostalo sedm jmen.
Výchovu malého Karla vedla zejména maminka Marie Josefa. Byla zbožná, hodná, pokorná a trpělivá. Chlapce vychovávala vědomě v katolické víře. Každý den jej brala s sebou na mši svatou. České období V září 1905 započal jeho vojenský výcvik u 7. dragounského pluku v Chudeřicích v severních Čechách. Dne 12. listopadu 1906 přerušil vojenskou službu, aby nastoupil dvouleté studium na Karlo-Ferdinandově univerzitě v Praze (dnes Univerzita Karlova – pozn. red.). Karel nedocházel na přednášky, ale profesoři ho navštěvovali na Pražském hradě, kde tehdy pobýval. Studium ukončil právnickými zkouškami dne 14. března 1908. Od toho roku pokračoval ve vojenské službě v Brandýse nad Labem. Po Karlově velkolepé svatbě s princeznou Zitou Bourbon-Parmskou (21. října 1911) se novomanželé vypravili do Mariazell, aby se tam u Matky Boží modlili za své manželství. 20. listopadu 1912 se narodil prvorozený syn Otto. Po něm následovaly postupně další děti, celkem jich Karel a Zita měli osm, včetně nejmladší Alžběty, která se narodila až po otcově smrti. Mladá rodina žila celkem poklidným životem do okamžiku, kdy byl v Sarajevu spáchán atentát na následníka trůnu Františka Ferdinanda d'Este. Karel se tak stal bezprostředním následníkem trůnu. Netrvalo dlouho a Karel musel usednout na císařský trůn, který se uvolnil smrtí Františka Ferdinanda.
Karel se pod vlivem událostí koncem roku 1918 nejdříve vzdal účasti na řízení vládních záležitostí. Poté se musel odstěhovat z Vídně do Eckartsau, kde jeho rodina zpočátku hodně strádala. Přesto 31. prosince 1918 dal zpívat Te Deum jako poděkování za všechno, co rok 1918 přinesl, Karel musel opustit i svou vlast, kde byl jeho život i život jeho rodiny v nebezpečí – 23. března 1919 odjela císařská rodina do Švýcarska a 3. dubna byl zveřejněn rakouskou vládou Zákon o vypovězení ze země a převzetí majetku domu Habsbursko-Lotrinského. Na svou zem však nezanevřel. Odchází do exilu na ostrov Madeira, kam s manželkou připlul 19. listopadu 1921. Pod polštářem měl od počátku nemoci obrázek Nejsvětějšího Srdce Ježíšova, v ruce držel kříž. Umírá 1. dubna 1922 posílen svatou Eucharistií před vystavenou Nejsvětější svátostí se slovem „Ježíši!“ na rtech. Nebylo mu ještě ani 35 let. Na jeho pohřeb přišlo 30 000 lidí. Je pohřben v poutním kostele na Madeiře. Jeho srdce bylo podle staré habsburské tradice vyňato a je uloženo v urně v Loretánské kapli v klášteře Muri ve švýcarském kantonu Aargau. Papež Jan Pavel II. ho 3. října 2004 prohlásil za blahoslaveného. Se svou manželkou a dětmi vedl příkladný rodinný život. Byla to opravdová domácí církev, vedená láskou k nejsvětější svátosti a k blahoslavené Panně Marii. Svátek má 21. října. (podle časopisu Milujte se)