Občanským jménem se svatý Bonaventura jmenoval Jan Fidanza po otci, který byl lékařem. Narodil se roku 1221 v Bagnoreggio u Viterba v Toskánsku v Itálii. Jako dítě vážně onemocněl. Uzdraven byl na přímluvu svatého Františka z Assisi. A k jeho uzdravení se váže i legenda, že když spatřil svatý František Bonaventuru zdravého, pronesl "Buona ventura!" ("Jaká to šťastná událost!") a tak vzniklo světcovo nové jméno. Podle jiné verze přijal jméno Bonaventura při vstupu do řádu františkánů.
Školu navštěvoval v klášteře minoritů, později odešel studovat do Paříže (Sorbona). Od roku 1248 získával Bonaventura různé akademické tituly z biblických věd, sentenci, v roce 1256 získal doktorát z teologie.
Vedle toho, že byl svatý Bonaventura velmi vzdělaným mužem, spolu s Tomášem Akvinským patřil k nejvýznamnějším teologům středověku, byl také mužem víry. Na modlitbách trávil mnoho hodin, rozjímal před Kristovým křížem nebo eucharistii. Dokázal, že rozum nejde proti víře, ale že víru a rozum lze skloubit. Když se ho později zeptal Tomáš Akvinský, ze kterých knih čerpá své myšlenky, ukázal na kříž a odpověděl: "To je moje knihovna, v níž jsem se naučil všemu, co umím."
V roce 1243 vstoupil do františkánského řádu, kde se dále věnoval také studiím pod vedením např. Alexandra z Hales, vyučoval na františkánské koleji. Na generální kapitule konané 2.2.1257 byl zvolen generálním představeným řádu františkánů. Tento řád pak vedl celých 17 let. Během vedení řádu musel čelit jak útokům zvenčí, tak sporům uvnitř řádu. Část františkánu se klonila k liberálnější formě Františkovy řehole, část chtěla zachovat původní radikální způsob života. Bonaventura našel kompromis mezi oběma proudy.
Bonaventura sepsal 9 velkých svazků spisů v latině. Nejvýznamnější jsou patrně Intinerarium mentis in Deum a Breviloquim.
Některé z myšlenek svatého Bonaventury:
"Když se tážeš, jak se děje toto nejvyšší poznání Boha, pak se nedotazuj učenosti, ale všímej si milosti; ne rozum, nýbrž srdce!"
"Prostá, zbožná a nevzdělaná stará žena může milovat Boha lépe a víc než učený teolog."
"Dokonalost života nezáleží ve velké učenosti, ani v rozjímavé modlitbě, ani ve vznešených výkonech v oblasti duchovního povolání, ale ve svědomitém plnění každodenních povinností a ve vykonávání obyčejných věcí nevšedním, dokonalým způsobem."
V roce 1273 byl Bonaventura papežem Řehořem X. jmenován biskupem v Albanu v Římě a kardinálem římské kurie. Společně s papežem vedl přípravné práce II. Lyonského koncilu (1275), na němž se mimo jiné jednalo i o sjednocení řeckého pravoslaví s římskou církví. Tohoto sjednocení se nakonec dosáhlo, ale pro pozdější politické zásahy nezůstalo trvalým.
Úplně vyčerpán skonal svatý Bonaventura v neděli ráno 15.července. Za účasti papeže a koncilního shromáždění byl pohřben v lyonském kostele sv. Františka.
K jeho svatořečení došlo papežem Sixtem IV.14.4.1482. V roce 1588 byl papežem Sixtem V. vyhlášen za církevního učitele.
Světec je patronem dětí, františkánů, teologů, dělníků, nosičů břemen a výrobců hedvábí. Mezi jeho atributy patří anděl, biskup, františkán, hostie, kardinálský klobouk.